Вот мой вариант загрузки системы под Gentoo.
Контроллер выбрал на чипсете Silicon Image 3114, http://www.sunix.com.tw/it/en/Product_Detail.php?cate=2&class_a_id=34&sid=368, т.к. встроенного на мамке нету, под этот чипсет дрова есть в ядре, все модели поддерживаются.
Итак,
1. Собираем в биосе массив, пусть будет RAID0 из 2-х дисков.
2. Загружаемся с LiveCD от gentoo (а в моем случае уже была установленная система на IDE-диск, так что загружаемся с нее, чтоб потом перейти уже на загрузку системы с райда). В случае загрузки с диска массив в идеале должен быть виден, есть поддержка там, а в моем случае надо пересобрать ядро, чтоб увидеть массив.
3. В ядре включаем опцию

[M] Silicon Image SATA support
[M] Loopback device support

пересобираем ядро, подгружаем модуль

modprobe sata_sil
modprobe loop (это для последующего создания загрузочного образа initrd)
командой dmesg проверяем, работает ли устройство, в логе должны быть записи о контроллере и о том, что найден массив с именем /dev/sda

4. Размечаем диск /dev/sda на разделы и т.д... При сборке ядра на новом диске включаем опции

[M] Silicon Image SATA support
[M] Loopback device support
[*] RAM disk support
          [*] Initial RAM disk (initrd) support

Собираем ядро.

5. Собираем загрузчик (это будет lilo)
emerge lilo

6.И теперь чтоб загрузчик смог смонтировать корневую файловую систему и загрузить ядро, на этапе загрузки должен быть "на лету" загружен драйвер райда. Для этих целей служит загрузочный образ initrd (Initial RAM Disk). Поддержку его мы в ядро уже включили, теперь надо создать этот образ, включить в него модуль драйвера и подсунуть загрузчику (для этого соберем вспомогательную утилиту mkinitrd). Итак,

emerge mkinitrd
mkinitrd --with=sata_sil -f /boot/initrd-2.6.15 gentoo-2.6.15

, где sata_sil - имя нужного модуля, /boot/initrd-2.6.15 - имя будущего образа, gentoo-2.6.15 - версия исходников ядра (должна обязательно совпадать точно по названию!)

7. Редактируем конфиг загрузчика


#/etc/lilo.conf
lba32
boot = /dev/sda #Наш массив
map = /boot/.map
prompt
timeout=50
delay = 50
vga = normal

image = /boot/bzImage #Загрузочный образ, полученный после сборки ядра
root = /dev/sda2 #Корневой раздел, в котором установлена ОС
label = Gentoo
read-only
initrd = /boot/initrd-2.6.15 #Образ initrd с модулями драйверов

для проверки можно запустить команду
lilo -t
Если все ок, то

lilo
reboot


8.В биосе ставим загрузку с SCSI или RAID, и если все сделали правильно, то система загрузится.