Для работы perl с MS SQL есть парочка модулей (DBD::Sybase или sybperl). Ни одного, ни другого в портежах gentoo не нашлось, пришлось скачать со странички
http://www.peppler.org/freeware/dbd-sybase.html

Итак, все просто:

cd distr
wget http://www.peppler.org/downloads/DBD-Sybase-1.07.tar.gz
tar -xvpf DBD-Sybase-1.07.tar.gz
cd DBD-Sybase-1.07
export SYBASE=/usr #папка, в которую установились модули от пакета freetds

perl Makefile.PL #(тут поотвечать на вопросы)

make
make install

Проверочный скрипт:

#!/usr/bin/perl -w
use DBI;
my $dbh = DBI->connect('DBI:Sybase:server=192.168.1.105','sa','***') or die("Cannot connect\n");
my $stm = $dbh->prepare("SELECT \@\@VERSION AS c1");
$stm->execute or die("error\n");
foreach($stm->fetchrow_hashref()){
print $_->{'c1'} . "\n"
}
$stm->finish;
$dbh->disconnect;